要明确与特定启动子结合的转录因子(TFs),或明确是通过上游的启动子调控特定基因表达的转录因子,常用二种方法。一种,启动子内电识别的转录因子DNA结合位点进行凝胶迁移试验。第二种,除去或移除某个转录因子的结合位点,以测定与启动子连接的报告体的表达是增加还是减少,通常,要构建一系列启动子缺失或突变的报告体,因为一个或一些转录因子在启动子上有多个结合位点。美国Signosis 公司开发了一种快速方法,通过一种变换的TF检测微孔板阵列方法便于启动子的定性,这种方法将检测48种TF是否与启动子结合。
A. 优点:
美国Signosis 公司基于自有知识产权技术研发的结合启动子的TF微孔板阵列检测试剂,具有下列优势:
· 多重复合---单一一次试验可明确48种TF与特定启动子的结合
· 步骤简单---探针孵育、柱离心、板杂交和HRP检测
B. 原理
启动子的TF微孔板阵列检测试剂是Signosis转录因子活性检测微孔板阵列试剂I的竞争法。在转录因子活性检测微孔板阵列试剂I,如果48种靶转录因子存在于待测样品中,就会形成48种类型的复合物,每种转录因子带有相应的生物素标记的oligo(与凝胶迁移试验中的复合物一样),用柱离心从复合物中分离未结合的游离的生物素标记的oligo,柱洗脱转录因子结合的oligo,用于板杂交,杂交上的DNA有生物素标记oligo,捕获的oligo用链酶亲和素和化学发光底物检测。如果不存在转录因子,就不能形成复合物,在随后的生物素标记的oligo中检测不到TF。在结合启动子的TF微孔板阵列检测试剂中,含有感兴趣的启动子PCR片段,与一套48种生物素标记的oligo混合,48种oligo与待测标本中的48种TF对应。如果DNA片段含有TF结合序列,就与生物素标记的oligo竞争与样本中的TF结合,不形成或少形成复合物,也就检测不到或少检测到TF,通过竞争质粒或DNA片段的存在与否,启动子结合的TF可被识别。