转录组测序

1 测序策略

研究目的：获得更多和更长的转录本

信息平台：Roche 454 & 454⁺

文库：shotgun

数据量：一般为混合样本，建议测1R 

研究目的：不同样本间的基因差异

表达平台：Illumina HiSeq 2000 100PE 或 Roche 454 & 454⁺

文库：shotgun

数据量：一般为单一组织样本，HiSeq 2000平台至少5G数据，454 & 454⁺平台建议先测1/2R

 2 质量控制        

4台Roche 454 & 454⁺，30台HiSeq 2000/2500；  

严格使用Roche 454原厂试剂，保证90%碱基准确度达Q40； 

Macrogen与Roche保持密切的信息分析合作研究，已共同发表多篇国际高影响力的文章；

Illumina Genome Network亚太区唯一一家成员，同时受 Illumina Genome Network 和 Illumina CSPro 监管，严格使用原厂试剂，是Illumina平台全球最高质量的代表；

HiSeq 2000平台平均大于99%碱基准确度达Q20，保证大于85%碱基准确度达Q30，平均clean data占raw data90%以上。