mate pair文库测序

1. 测序方案

千年基因拥有最成熟的大片段文库构建流程及测序方案，在HiSeq 2000/2500及454平台均能成功构建2Kb-40Kb等不同长度插入片段的大片段文库。

• 文库：2Kb、3Kb、5Kb、8Kb、10Kb、20Kb、40Kb等不同长度插入片段的大片段文库

• 测序平台：HiSeq 2000/2500及454平台

2. 信息分析

2.1 基本信息分析

• 采用CASAVA v1.8.2 和FastQC 软件，按illumina 标准流程进行base calling 及数据产出统计；

• 按照标准过滤原则对将raw data 过滤成clean data；

• raw data 及clean data 的数据量及Q20、Q30统计；

• raw data 及clean data 测序质量分布图，GC/AT含量分布图。

2.2 标准信息分析

• 文库大小评估：绘制mate pair文库insert size分布图（需提供参考基因组信息或近缘物种基因组序列信息作为参考）；

• mate pair文库PCR duplication rate统计。