人外显子组测序

1 捕获平台              

人外显子组测序是以高效捕获为前提，主要针对人类基因组编码区域进行的选择性测序。目前，Macrogen主要采用以下三种外显子组捕获平台。

a. Illumina TruSeq Exome Enrichment Kit

b. NimbleGen SeqCap EZ 

c. Agilent SureSelect Human All Exon Kit

2 实验方案

捕获平台：推荐Agilent SureSelect Human All Exon V4，特点如下：

a. 样本量要求为1.2ug；
b. 捕获范围为51Mb，包括20,965条基因的334,378个外显子区域；
c. 根据CCDS、RefSeq、GENECODE、miRNABase、TCGA及UCSC数据库设计探针，可有效获得外显子区及其周边区域的变异信息。

测序平台：HiSeq 2000 100PE
文库：shotgun
数据量：建议做125×深度测序，得到约7Gb的数据量

3 质量控制      

30台HiSeq 2000/2500；   

Illumina Genome Network亚太区唯一一家成员，同时受 Illumina Genome Network 和 Illumina CSPro 监管，严格使用原厂试剂，是Illumina平台全球最高质量的代表；

HiSeq 2000平台平均大于99%碱基准确度达Q20，保证大于85%碱基准确度达Q30，平均clean data占raw data90%以上。 

4 数据分析

a. 基本信息分析    按标准流程进行base calling、raw data数据整理及数据质量评估。

b. 标准信息分析    

数据通过BWA与UCSC hg19数据库进行比对，通过SAMTOOLS检测SNP和InDel变异信息；    

将SNP和InDel与最新发布的dbSNP 和千人基因组数据进行比对分析，寻找稀有变异；    

变异所在基因的功能注释（GO、Pathway）；    

变异基因保守性预测及致病性分析（SIFT、Polyphen-2、GERP）；    

根据家系及疾病模式进行多样本分析。 

c. 高级信息分析    根据客户的具体研究近写的个性化分析。