甲氨蝶呤是第一个治疗肿瘤有效的抗代谢物,对绒毛膜上皮癌和急性淋巴性白血病有较好疗效,20世纪40年代科学家发现,干酪乳杆菌中抑制小鼠移植性肿瘤肉瘤S180和自发性乳癌的有效成分为蝶呤三谷氨酸,后者有弱的抗叶酸作用;并观察到缺乏叶酸则骨髓受抑制;叶酸能促进白血病发展等现象,故开始从叶酸抗代谢物中寻找抗癌药。1947年氨蝶呤试用于临床,对儿童白血病有效。继后发现甲氨蝶呤对小鼠白血病L1210有较高的治疗指数,50年代试用于临床Chemicalbook,很快取代了氨蝶呤用于白血病治疗,以后扩大至治疗其它肿瘤。它是研究最深入的抗肿瘤药物之一。在类风湿领域尽管Gubner在1951年成功应用氨蝶呤治疗了类风湿关节炎与银屑病。但在当时甲氨蝶呤还是被认为是抗代谢的抗癌药物,自然而然的人们认为它的毒性还是太大了。另外一个原因是激素的出现,导致几乎所有的注意力都集中在激素治疗上。在风湿病领域只有少数研究者包括RexHoffmeister等几个人开始用小剂量甲氨蝶呤治疗自身免疫疾病。