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  • 上海零客实业有限公司
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    蛋白三维结构结合分析项目评估动力学模拟

    • 药智价格:
      询价
    • 发布时间:
      2020-12-21 10:38:28
    • 供  应 商:
      上海零客实业有限公司
    • 供应分类:
      其他
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    蛋白三维结构结合分析项目评估方案

    背景

    针对小鼠中XY的互作关系,想要知道二者间三维结构的结合方式、结合位点以及动态的结合过程。

    方法

    1. 由于XY暂时未有完整的蛋白结构,因此首先需要利用同源法或者从头法等进行三维结构建模;

    2. 利用建模好的结构,进行蛋白-蛋白对接(客户可提供初步的位点限制信息会更加准确些),选取结合得分最佳的构型进行后续动态过程的模拟;

    3. 对选择的最佳结合构型进行动力学模拟,来计算两者蛋白之间结合的动态过程,可得出互作的结合位点进而找出热点残基、蛋白配受体具体结合方式、以及动态的结合图像等。(本步需要耗费大量计算资源和时间,需要较长时间进行)

    初步分析结果

    TCGA数据库中,利用X在人源膀胱的408mRNA表达样本进行spearman相关性回归假设检验,得出FDR假阳性率很低,相关系数为0.1386,属于正相关性。故而推测,小鼠中的XY在结构层面应该也存在一定的互作关系。




    周期与报价:


    周期预计
    1个月;因为包含了动力学模拟这种资源密集型计算
     咨询18116418318


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