蛋白三维结构结合分析项目评估动力学模拟

蛋白三维结构结合分析项目评估方案

背景

针对小鼠中X和Y的互作关系，想要知道二者间三维结构的结合方式、结合位点以及动态的结合过程。

方法

1. 由于X和Y暂时未有完整的蛋白结构，因此首先需要利用同源法或者从头法等进行三维结构建模；

2. 利用建模好的结构，进行蛋白-蛋白对接（客户可提供初步的位点限制信息会更加准确些），选取结合得分最佳的构型进行后续动态过程的模拟；

3. 对选择的最佳结合构型进行动力学模拟，来计算两者蛋白之间结合的动态过程，可得出互作的结合位点进而找出热点残基、蛋白配受体具体结合方式、以及动态的结合图像等。（本步需要耗费大量计算资源和时间，需要较长时间进行）

初步分析结果

在TCGA数据库中，利用X和Y 在人源膀胱的408组mRNA表达样本进行spearman相关性回归假设检验，得出FDR假阳性率很低，相关系数为0.1386，属于正相关性。故而推测，小鼠中的X和Y在结构层面应该也存在一定的互作关系。

周期与报价:

周期预计1个月；因为包含了动力学模拟这种资源密集型计算 咨询18116418318