小鼠全脑透明化成像服务

我公司的小鼠全脑成像服务深受客户的欢迎。客户只需把小鼠脑寄来，我们会进行一系列透明化处理，并在我们的成像设备上进行扫描成像，得到所有脑片的最大值投影图，再通过我们的高性能计算集群，以及自研的算法和软件，实现对图像大数据的存储、管理和多种分析，包括三维重构、图谱配准和神经元形态重建等。客户只需等待十天左右既能够得到满意的结果。在整个试验过程中客户都能在我们的网站上看到实验的实施进展。

1. 亮点功能一：PuClear透明化技术

PuClear透明化技术特点：

1. 共价固定结构： PuClear透明化技术采用共价键固定结构的方式，将脑片内的蛋白质、核酸等结构与水凝胶框架结合在一起。

2. 原位结构保留： PuClear技术在透明化处理过程中，脑片内的结构保持在原位，不会发生移动或失真。

3. 光学性能改善： PuClear透明化处理后，光线通过组织时不会发生偏折，可以实现清晰、均匀的三维成像。相比之下，传统的透明化处理方法可能会导致光线的散射或折射，影响成像质量。

4. 成像范围扩大： PuClear技术可以处理较厚的组织样本（如脑片），使得成像范围扩大到了300μm厚度范围内。传统的透明化处理方法可能对较厚的组织样本效果不佳，成像范围受到限制。

2. 亮点功能二：VISoR高通量三维成像

多维同步飞扫荧光显微成像（VISoR）技术是一项新型快速三维微米分辨成像技术。它结合了脑组织透明化、同步扫描成像和三维重构技术，能够以很高的分辨率在短时间内完成小鼠全脑突触级别的解析。该技术的主要特点包括：

1. 同步扫描实现连续清晰成像： 通过同步扫描，实现了在样品运动中连续清晰成像，大大提高了成像速度，达到了数百倍于传统成像技术的速度。

2. 快速成像速度： 在1.5小时内即可完成对小鼠全脑的成像，每个体素的分辨率为0.5×0.5×2.5 μm³，生成的原始数据图像约为16TB。

3. 多通道成像： 适用于不同大小的样品，可以进行多通道成像，包括小鼠脑等组织样品，具有广泛的应用前景。

4. 兼容各种标记方法，可扩展至超大样品： 该技术兼容各种标记方法，可用于不同类型的样品，甚至可以扩展至超大样品的成像。

3. 亮点功能三：PB级图像大数据分析

我们通过搭建的高性能计算集群，以及自主开发的算法和软件，实现了对PB级图像大数据的存储、管理和多种分析，包括图像拼接、三维重构、图谱配准和神经元形态重建等。

而PB级图像大数据分析（Petabyte-scale image data analysis）具有以下特点：

1. 处理规模庞大： PB级图像大数据意味着数据量非常庞大，需要处理的图像数量可达到百万级甚至更多。这种大规模数据需要使用高效的计算和存储系统来进行处理和管理。

2. 高维度数据： 图像数据通常是高维度的，每个像素可能包含多个维度的信息，因此，对于PB级图像大数据的分析需要考虑到数据的多维特性。

3. 计算密集型： 对PB级图像大数据进行分析通常需要进行大量的计算，例如图像处理、特征提取、模式识别等。这些计算通常是密集型的，并且需要使用高性能的计算资源来进行处理。

4. 存储需求高： PB级图像大数据需要大规模的存储系统来进行管理和存储。这些存储系统需要具有高容量、高可靠性和高吞吐量的特点，以满足数据存储和访问的需求。

三、技术优势

1. 透明化技术

PuClear透明化方法的优势：

a. 基于水凝胶包埋：

PuClear方法是基于水凝胶包埋的透明化方法，利用了水凝胶作为支撑基质。

b. 透明化厚度和清晰度：

PuClear方法适用于300μm厚度范围内的生物组织的透明化，可以实现均匀、清晰的三维成像。

c. 操作简便性：

PuClear方法不需要进行复杂的电泳步骤，操作更加简便。

2. VISoR技术

VISoR技术具有以下优点：

a. 超高速高分辨率成像： VISoR能够实现超越相机限制的高分辨率成像，并且成像速度非常快，为研究提供了高效的工具。

b. 样品准备时间短，不受尺寸限制： 相对于其他成像技术，VISoR所需的样品准备时间相对较短，并且不受原始样本尺寸的限制，这降低了实验准备的复杂性。

c. 兼容免疫染色或原位荧光杂交技术： VISoR技术完全兼容免疫染色或原位荧光杂交技术，使得研究人员可以结合多种标记方法进行研究。

d. 成像范围可扩展： VISoR成像范围只受限于用来移动样本的位移台行程，具有很强的可扩展性，可以适用于不同尺寸的样品。

3. 数据分析技术

a. 图像拼接（Image Stitching）：

将多个局部图像拼接成一个全局图像，以获得更广阔的视野或更高的分辨率。提高了图像的信息量和可视化效果，有助于更全面地理解样本的结构和特征。

b. 三维重构（3D Reconstruction）：

三维重构数据处理是现代科技中的一个重要领域，它能够将二维图像或点云数据转换为三维模型。三维重构提供了样本的立体视图，可以更全面地展示样本的空间结构和组织特征，有助于深入理解样本的解剖和功能。

c. 图谱配准（Atlas Registration）：

将多个样本的图像或数据配准到一个标准的空间图谱上，以实现不同样本之间的比较和分析。使得不同样本之间的结构和功能变得可比较，有助于发现和理解不同样本之间的差异和共性，以及不同区域之间的关联性。

d. 神经元形态重建（Neuron Morphology Reconstruction）：

根据神经元在图像中的形态特征，通过图像处理和分析方法重建出神经元的形态结构成为全球科学家聚焦的重点。神经元形态重建提供了神经元的形态信息，包括树突、轴突和突触等结构的形态和连接方式，有助于理解神经网络的组织和功能。

这些图像处理和分析任务在神经科学研究中具有重要意义，通过对大量图像数据的处理和分析，可以深入探究神经系统的结构和功能，揭示其内在的规律和机制。

四、产品

鼠脑快速成像服务：

为客户提供的鼠脑进行包括组织透明化以及切片在内的一系列制备过程，并进行VISoR三维荧光成像。最终交付给客户的结果为所有脑片的最大值投影图。后续根据客户的需要，还可通过我们搭建的高性能计算集群，以及自主开发的算法和软件，实现了对PB级图像大数据的存储、管理和多种分析，包括图像拼接、三维重构、图谱配准和神经元形态重建等。

全流程耗时 10天

制备流程：

1. 注射病毒

支持转基因标记、病毒示踪、CTb示踪、细胞核 (DAPI) 染色、免疫荧光染色、Nissl染色等多种标记方法。

2. 取脑寄送

将灌流后的鼠脑样本寄送给我们。

3. 固定包埋

包埋在水凝胶中，固定样品形态，不易发生形变。

4. 切成厚片

使用振动切片机将包埋好的鼠脑切成300微米的厚片。

5. 贴片

将切好的40-50片鼠脑切片贴在特制的玻片上，准备进行透明化处理

6. 组织透明化

使用PuClear方法进行组织透明化处理。如需小分子或抗体标记，在透明化后进行。

7. VISoR成像

使用VISoR显微镜在半小时内以1×1×2.5 μm3 的分辨率，或在两小时内以0.5×0.5×2.5 μm3 的分辨率，完成完整鼠脑的三维荧光成像。

8. 二维重构

生成这些脑片的最大值投影图，可快速评估样品研究价值。

9. 更多分析

三维重构、细胞计数、神经元形态重建等。

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