全基因组重测序

概述    全基因组全新测序（de novosequencing）不需要任何参考序列即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法对测序序列进行拼接组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。通过基因组测序是快速了解物种的重要途径，可加深对所测物种生长、发育、进化、起源等重大问题的认识。自成立以来，CHGCS先后承担和参与了人类基因组测序、水稻4号染色体测序、黑猩猩22号染色体测序、日本血吸虫基因组测序等多个重大项目，研究成果发表于Nature、Science、Nature Genetics、PNAS等众多国际权威学术期刊。 测序策略       估计基因组大小，能否提供单倍体;       需要100ug左右的DNA;       进行ITS和16s检测，确保物种正确及没有细菌污染;       初步测序：先用solexa做30-50倍覆盖率的300bp文库的Paired-end测序，拼装后评估基因组大小及杂合度；       深度测序：solexa测3个Paired-end库(170bp，300bp和500bp)，做到100倍覆盖率；至少用454做2倍覆盖率；       框架图：在上述测序拼装的基础上，加测100倍覆盖率的solexa  Mate-pair文库（3kb,8kb和20kb);       如果是复杂基因组，需要构建BAC文库，基于BAC末端测序结果进行全长测序。 参与的项目及研究成果        人类基因组计划：3号染色体短臂近着丝粒区，29BAC，3.35Mb序列        水稻（粳稻）4号染色体精细图：112BAC，10Mb序列        黑猩猩22号染色体测序：40BAC，5Mb序列        日本血吸虫基因组测序