多肽是用来模拟蛋白的，为了模仿蛋白的表现，我们需要合成与蛋白有相似的结构和电荷的多肽 。当一条肽段从一个蛋白中“切出”之后，两端的电荷数将与基因体蛋白有差异。我们需要改变合成策略来使他们一致。

总体而言：

如果是出自蛋白C端的序列，通过乙酰化将N端屏蔽；

如果是出自蛋白N端的序列，通过酰胺化将C端屏蔽；

如果是出自蛋白中间部分，用乙酰化和酰胺化将两端都屏蔽
欢迎来订购多肽

Q Q号： 2022382221
公司电话： 027-87687992
公司传真： 027-87687992
电子邮件： order@moonbiochem.com

检测抗多肽反应是否发生的最简单方法就是抗多肽ELISA。有两种技术可以将多肽链接到ELISA板上。第一种方法就是直接将多肽链接到盘上。但如果链接氨基酸恰好是抗原决定簇的一部分，则抗体无法和多肽进一步链接，这样产生假阴性结果的可能性增加。第二种方法则是先将多肽与载体蛋白耦合，然后将多肽－蛋白耦合体链接到ELISA盘上。这种链接方法会使抗体－多肽的结合成功率提高，因为多肽不是直接嵌入盘膜，因而会更加暴露给抗体。这种方法因而更可靠，可重复性更高。需要注意的是，用于该方法的载体蛋白必须不同于用于免疫耦合的载体蛋白。这样会避免血清中抗载体蛋白反应所导致的高背景反应。
当做血清检测时，另一点需要记住的是，由于免疫多肽与自然多肽结构上的差别，检测时的抗多肽反应与试剂的抗多肽反应可能是不同的。任何检测，尤其是测定滴定量以决定收获点时，必须包括针对天然状态下蛋白的检测。当然可以做针对天然状态下蛋白的ELISA；但由于血清在不同检测体系中表现会不一样，因此最好在血清被日常使用的体系中进行蛋白识别鉴定。如果血清将用于免疫沉淀反应，就应该进行针对该反应的检测。
产生具有优良性能的抗体。订购定制的连接多肽，这样您可以增加抗原的免疫原性。如果多肽小于6KD，我们特别推荐做连接。半抗原载体连接选择包括：
• keyhole limpet hemocyanin (KLH)
• bovine serum albumin (BSA)
• thyroglobulin (THY)
• ovalbumin(OVA)
此外，您可以选择多抗原多肽（MAP）连接,它提供一个有分支的赖氨酸核心可替代的多种构型的合成多肽。在决定使用MAP技术还是传统的载体蛋白做连接时，请注意下列指导：
• 半光氨酸会形成非特异二硫键。如果您关注二硫键的构型，使用KLH
• 如果这种多肽是一直被成功地用来生产抗体，效仿已经使用的方法。
• 由于多肽通过C末端连接，而MAP技术有利于N末端或内部的多肽，不推荐使用在严格C末端连接的多肽上。连接载体也可能会导致一些空间障碍。使用KLH做C末端连接。
• 由于在传统的C18 HPLC时，MAP多肽的性能更类似于大的蛋白，因而未提供纯化。
长度
合适的多肽长度有利于优质合成，大部分的多肽抗原要求长度范围在12－16个残基，而且相对容易合成。尽管9个残基或更短的多肽已经是有效的抗原，但是长于12到16氨基酸的多肽可能包含几个决定簇。超过20残基的多肽开始提出了更大的合成挑战。

疏水残基
当设计多肽时，请注意诸如Ala,Cys,Ile,Leu,Met,Phe和Val类残基，它们会增加出现多肽可溶性问题的概率。注意保持疏水残基低于50％
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不同氨基酸会形成不同的二级结构；延展的结构是为了给氨基酸侧链留下再大的自由空间，因此，那些有大量巨大侧链的氨基酸容易形成β折叠结构。这些氨基酸有：Tyr， Trp（有时Phe， Met）仅仅因为非常大， Val， Thr因为分支的β 碳是巨大而且非常占空间的；Cys在β 碳上有一个大的硫原子；β 碳是侧链上的第一个原子，因此巨大的侧链使主链非常拥挤。如果巨大基团在第二个碳上，如Leucine，则很少引起这种问题。

判断易形成α螺旋氨基酸的主要依据是氨基酸侧链包裹保护在螺旋核心的主链的氢键不被周围的水分子干扰：
容易形成α螺旋的有Ala， Leu， Met， Phe， Glu， Gln， His， Lys， Arg

下面列举的氨基酸有可以打乱二级结构形成的侧链，被叫做二级结构阻断者（Breaker）， 包括Gly， Pro， Asn， Asp， Ser：
在Gly中，侧链只是一个单一的氢原子，太小不能保护主链的氢键被周围的水分子影响。
Pro比较特殊因为它的侧链直接连于主链的N上，占据了形成氢键的位点。
在Asp， Asn， Ser中侧链在与附近主链N-H或C=O基团形成氢键的理想范围之内。因此实际上这些氨基酸并不是保护附近的氢键而是干扰它们。
一群Breaker会使该区域形成转角或环，因为干扰了周围氨基酸的正常二级结构而且形成二级结构环。
现在有很多的资料和计算机软件可以提供氨基酸的分子量和形成各种结构的可能性，有些软件还可以根据给出的序列预测其二级结构。氨基酸之间形成的二级结构是相互作用影响的。比如只有几个易形成α螺旋的氨基酸分散在易形成β折叠的序列中，最后呈现出来的是β折叠结构. 在一条多肽中，如果连续6个或更多氨基酸的段中有60%的为易形成α螺旋的同时少于20%的Breaker，则很容易形成α螺旋；如果在5个以上氨基酸的段中有60%的容易形成β折叠而少于20% Breaker，则容易形成β折叠；2个或2个以上的breaker出现在4个氨基酸的段中则会导致转角或环
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当做血清检测时，另一点需要记住的是，由于免疫多肽与自然多肽结构上的差别，检测时的抗多肽反应与试剂的抗多肽反应可能是不同的。任何检测，尤其是测定滴定量以决定收获点时，必须包括针对天然状态下蛋白的检测。当然可以做针对天然状态下蛋白的ELISA；但由于血清在不同检测体系中表现会不一样，因此最好在血清被日常使用的体系中进行蛋白识别鉴定。如果血清将用于免疫沉淀反应，就应该进行针对该反应的检测。
产生具有优良性能的抗体。订购定制的连接多肽，这样您可以增加抗原的免疫原性。如果多肽小于6KD，我们特别推荐做连接。半抗原载体连接选择包括：
• keyhole limpet hemocyanin (KLH)
• bovine serum albumin (BSA)
• thyroglobulin (THY)
• ovalbumin(OVA)
此外，您可以选择多抗原多肽（MAP）连接,它提供一个有分支的赖氨酸核心可替代的多种构型的合成多肽。在决定使用MAP技术还是传统的载体蛋白做连接时，请注意下列指导：
• 半光氨酸会形成非特异二硫键。如果您关注二硫键的构型，使用KLH
• 如果这种多肽是一直被成功地用来生产抗体，效仿已经使用的方法。
• 由于多肽通过C末端连接，而MAP技术有利于N末端或内部的多肽，不推荐使用在严格C末端连接的多肽上。连接载体也可能会导致一些空间障碍。使用KLH做C末端连接。
• 由于在传统的C18 HPLC时，MAP多肽的性能更类似于大的蛋白，因而未提供纯化。
长度
合适的多肽长度有利于优质合成，大部分的多肽抗原要求长度范围在12－16个残基，而且相对容易合成。尽管9个残基或更短的多肽已经是有效的抗原，但是长于12到16氨基酸的多肽可能包含几个决定簇。超过20残基的多肽开始提出了更大的合成挑战。

疏水残基
当设计多肽时，请注意诸如Ala,Cys,Ile,Leu,Met,Phe和Val类残基，它们会增加出现多肽可溶性问题的概率。注意保持疏水残基低于50％
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不同氨基酸会形成不同的二级结构；延展的结构是为了给氨基酸侧链留下再大的自由空间，因此，那些有大量巨大侧链的氨基酸容易形成β折叠结构。这些氨基酸有：Tyr， Trp（有时Phe， Met）仅仅因为非常大， Val， Thr因为分支的β 碳是巨大而且非常占空间的；Cys在β 碳上有一个大的硫原子；β 碳是侧链上的第一个原子，因此巨大的侧链使主链非常拥挤。如果巨大基团在第二个碳上，如Leucine，则很少引起这种问题。

判断易形成α螺旋氨基酸的主要依据是氨基酸侧链包裹保护在螺旋核心的主链的氢键不被周围的水分子干扰：
容易形成α螺旋的有Ala， Leu， Met， Phe， Glu， Gln， His， Lys， Arg

下面列举的氨基酸有可以打乱二级结构形成的侧链，被叫做二级结构阻断者（Breaker）， 包括Gly， Pro， Asn， Asp， Ser：
在Gly中，侧链只是一个单一的氢原子，太小不能保护主链的氢键被周围的水分子影响。
Pro比较特殊因为它的侧链直接连于主链的N上，占据了形成氢键的位点。
在Asp， Asn， Ser中侧链在与附近主链N-H或C=O基团形成氢键的理想范围之内。因此实际上这些氨基酸并不是保护附近的氢键而是干扰它们。
一群Breaker会使该区域形成转角或环，因为干扰了周围氨基酸的正常二级结构而且形成二级结构环。
现在有很多的资料和计算机软件可以提供氨基酸的分子量和形成各种结构的可能性，有些软件还可以根据给出的序列预测其二级结构。氨基酸之间形成的二级结构是相互作用影响的。比如只有几个易形成α螺旋的氨基酸分散在易形成β折叠的序列中，最后呈现出来的是β折叠结构. 在一条多肽中，如果连续6个或更多氨基酸的段中有60%的为易形成α螺旋的同时少于20%的Breaker，则很容易形成α螺旋；如果在5个以上氨基酸的段中有60%的容易形成β折叠而少于20% Breaker，则容易形成β折叠；2个或2个以上的breaker出现在4个氨基酸的段中则会导致转角或环
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总体而言：

如果是出自蛋白C端的序列，通过乙酰化将N端屏蔽；

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如果是出自蛋白中间部分，用乙酰化和酰胺化将两端都屏蔽
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