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蛋白三维结构结合分析项目评估方案
背景
针对小鼠中X和Y的互作关系，想要知道二者间三维结构的结合方式、结合位点以及动态的结合过程。
方法
1. 由于X和Y暂时未有完整的蛋白结构，因此首先需要利用同源法或者从头法等进行三维结构建模；
2. 利用建模好的结构，进行蛋白-蛋白对接（客户可提供初步的位点限制信息会更加准确些），选取结合得分最佳的构型进行后续动态过程的模拟；
3. 对选择的最佳结合构型进行动力学模拟，来计算两者蛋白之间结合的动态过程，可得出互作的结合位点进而找出热点残基、蛋白配受体具体结合方式、以及动态的结合图像等。（本步需要耗费大量计算资源和时间，需要较长时间进行）
初步分析结果
在TCGA数据库中，利用X和Y 在人源膀胱的408组mRNA表达样本进行spearman相关性回归假设检验，得出FDR假阳性率很低，相关系数为0.1386，属于正相关性。故而推测，小鼠中的X和Y在结构层面应该也存在一定的互作关系。
周期与报价:
周期预计1个月；因为包含了动力学模拟这种资源密集型计算 咨询18116418318
X射线晶体学：首先需要大规模筛选结晶条件；之后对结晶条件进行优化，在同步辐射光源上进行数据收集；第三步也是进行数据处理和结构解析。
X射线晶体学，样品要求OD280=10（~10mg/ml）
步骤 | 研究内容 | 预计耗时 | 结果反馈 | 报价说明 |
第二步 | 上海同步辐射光源数据收集 | 两个半月 | 衍射照片~3套 | 耗材、试剂费，差旅费，人工费 |
服务地点 ：收数据服务 仅限上海光源
服务咨询电话15221333992 QQ470893403
COIP实验服务 鉴定蛋白相互作用。
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X射线晶体学：首先需要大规模筛选结晶条件；之后对结晶条件进行优化，在同步辐射光源上进行数据收集；第三步也是进行数据处理和结构解析。
X射线晶体学，样品要求OD280=10（~10mg/ml）
步骤 | 研究内容 | 预计耗时 | 结果反馈 | 报价说明 |
第一步 | 筛选结晶条件 | 一个半月 | 晶体初筛结果 | 试剂盒费、结晶机器人费，人工费 |
第二步 | 上海同步辐射光源数据收集 | 两个半月 | 衍射照片~3套 | 耗材、试剂费，差旅费，人工费 |
第三步 | 数据处理与模型搭建 | 三周 | 衍射数据原子模型 | 工作站、人工费 |
服务咨询电话15221333992 QQ470893403
