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本研究中心学科齐全，下设合成药物化学、天然药物化学、药理学、药物分析、生物合成、药物筛选、药物晶型、药物制剂、药物代谢、新药开发等研究科室，具有很强的药物研发能力。该所还建有国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、国家药物筛选中心、科技部药效学平台、院校新药安全评价研究中心、药物所药物晶型研究中心。“十一五”期间国家“新药创制”重大专项在药物研究所建立了包括综合大平台在内的多个技术平台,有效地增进了研究所的研究能力。
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